1995 lernt Project Human Aid-Mitbegründer Thomas Fischer an der Universität Freiburg den Burunder Denis Ndikumana kennen, die beiden werden Freunde. Vier Jahre später kehrt Ndikumana, mittlerweile promoviert und zudem mit einem Abschluss in Soziologie ausgestattet, in sein vom Bürgerkrieg zerrüttetes und völlig verarmtes Heimatland zurück, um dort die Leitung der Internatsschule „Petit Séminaire St Paul“ in dem kleinen Dorf Buta zu übernehmen. Doch der Kontakt nach Deutschland bleibt bestehen – 2002 ruft ein Freundeskreis um Thomas Fischer Project Human Aid e.V. ins Leben, um Ndikumana bei seiner Arbeit am „Petit Séminaire“ zu unterstützen.

Was als kleines Hilfsprojekt beginnt, entwickelt rasch eine Eigendynamik. Neue Arbeitsbereiche auch außerhalb Butas kommen hinzu, Project Human Aid wird von der burundischen Regierung offiziell als NGO (non-governmental organisation) anerkannt und die Zahl der Freunde, Spender und Unterstützer wächst.
Heute ist Project Human Aid mit zahlreichen Projekten in Burundi aktiv, vor allem in den Bereichen Bildung und Gesundheit.